1995年年初,受上海古籍出版社邀请,佟培基着手编著《孟浩然诗集笺注》,预定4年内完成,繁体直排,将作为该社重点图书出版。因研究生及进修班教学课程多,他只有利用每天晚上8点至11点这段业余时间去做,节假日包括春节也不休息。佟培基回忆说:“那时,我最怕的就是有人来访,亲友们没少误解我。”
1998年上半年,佟培基完成了大部分书稿,准备在暑期完成最后的30多首笺注。7月中旬,他感觉身体不适,被医院诊断为“食道癌”,被抬上了手术台,食道被切除8厘米,六天六夜,滴水未进。出院时,医生要求他一定休息一年半载,否则有生命危险。然而,3个月后,他极力劝说妻子去上班,自己偷偷起床,做最后的30首笺注